Truyện lấy bối cảnh bắt nguồn từ sự việc xảy ra vào mười hai năm trước, con Hồ Ly Chín Đuôi (Kyuubi-Kurama) đã tấn công Làng Lá (木ノ葉隠れ (Mộc Diệp Ẩn Lý) Konohagakure / Konohagakure no Sato?). Với lượng sức mạnh khổng lồ, nó có thể dễ dàng khiến sóng thần nổi dậy và san bằng núi non chỉ với một trong số chín cái đuôi, nó đã gây ra sự hỗn loạn tột cùng và giết chết nhiều người, cho tới khi người lãnh đạo của làng Lá – ngài Hokage Đệ Tứ (Namikaze Minato) đã hi sinh để phong ấn con quái thú vào cơ thể con trai mình - Naruto khi cậu chỉ vừa mới được sinh ra, bằng cấm thuật: Kin Jutsu Ogi "Shiki Fuin" (Thi Quỷ Phong Tận - một thuật cấm phải đánh đổi bằng tính mạng). Hokage Đệ Tứ, người được vinh danh vì đã phong ấn con yêu hồ, khi nhắm mắt xuôi tay đã mong muốn Naruto được người dân tôn trọng khi có thân xác là nơi chứa đựng con quái vật. Thứ bậc của các nguyên tố chakra (Hỏa, Phong, Lôi, Thổ, Thủy).
Dù vậy, Naruto trải qua thời thơ ấu không mấy êm đềm khi người dân làng Lá không ngừng xa lánh và bộc lộ sự sợ hãi cũng như tức giận dành cho cậu, đối xử với Naruto như thể cậu chính là con yêu hồ, là mối đe dọa tiềm tàng dành cho làng Lá. Một quy định đã được đặt ra bởi Hokage Đệ Tam nhằm ngăn cấm mọi người không được bàn luận hay đề cập đến vụ tấn công của con yêu hồ với bất kì ai, thậm chí là với con cái của mình. Dù vậy, điều này cũng không thể ngăn cản họ khỏi việc coi cậu như một kẻ ngoài lề. Cậu đã lớn lên mồ côi mà không có gia đình, bạn bè, hay bất kì sự thừa nhận nào. Vì không thể ép buộc mọi người làm bạn và quan tâm đến cậu, vậy nên cậu mới phải tìm cách gây sự chú ý và mong muốn được công nhận bằng các trò phá phách và nghịch ngợm.
Tuy nhiên, mọi chuyện đã thay đổi khi Naruto tốt nghiệp Học viện Ninja bằng cách sử dụng Ảnh Phân Thân Chi Thuật (Kage Bunshin No Jutsu) để cứu thầy Umino Iruka, một kỹ thuật cậu học từ một quyển trục phong ấn mà cậu bị lừa để lấy cắp từ tên ninja phản bội Mizuki. Vụ chạm trán đó đã cho Naruto biết 2 điều: cậu là người chứa đựng Cửu Vĩ - Hồ ly chín đuôi và vẫn còn có người thật lòng quan tâm cậu ta - ngài Hokage Đệ Tam. Việc cậu tốt nghiệp học viện đã mở ra cánh cửa dẫn tới những sự kiện, những người sẽ làm thay đổi và định nghĩa lại thế giới quan của cậu, trong đó có cả nhẫn đạo của cậu.
Câu chuyện là quá trình trưởng thành và tiến bộ của Naruto với những người bạn của cậu khi làm ninja, nhấn mạnh mối quan hệ giữa họ cùng sự tác động từ quá khứ đến sự hình thành tính cách của họ. Hai người bạn đồng hành đầu tiên của cậu là Uchiha Sasuke và Haruno Sakura, hai ninja trẻ cùng trang lứa được chỉ định để thành lập tổ đội 3 người cùng với Naruto dưới sự giám sát của một giáo viên (先生 (Sensei?)) đầy kinh nghiệm tên là Hatake Kakashi. Xuyên suốt bộ truyện, Naruto đã gặp gỡ nhiều nhân vật khác, tìm hiểu nhau, học các chiêu thức mới và biết thêm về các ngôi làng khác. Sự nhấn mạnh lên mức tiến bộ của nhân vật làm thay đổi cốt truyện, với rất ít sự kiện ngẫu nhiên. Lúc đầu, câu chuyện chủ yếu xoay quanh Naruto, Sasuke, và Sakura, những thành viên của Đội 7. Dần dần, tuyến nhân vật phụ cũng bắt đầu được phát triển như Kakashi, Tsunade, và Jiraiya, cũng như những người cùng trang lứa với Naruto ở những làng khác. Câu chuyện còn có sự tham gia của tuyến nhân vật phản diện, đầu tiên là Momochi Zabuza, một ninja lưu vong của Làng Sương Mù và bạn đồng hành của hắn là Haku; tiếp đó là Orochimaru, một ninja lưu vong hạng S đứng đầu danh sách truy nã của làng Lá và cánh tay phải trung thành của hắn - Yakushi Kabuto trong Kỳ thi Ninja Trung Đẳng. Những ngày tháng chung đội và cùng nhau cố gắng, Naruto đã xem Đội 7 như gia đình của mình. Việc Uchiha Sasuke vì hận thù với anh trai mà rời bỏ làng Lá để theo Orochimaru, Naruto quyết định đem Sasuke quay về bằng chính sức lực của mình, diễn biến câu truyện được đẩy sang phần mới với những thách thức to lớn hơn. Bên cạnh đó, Naruto cũng được thu nhận làm đệ tử của một trong ba Sanin Huyền Thoại ngài Jiraiya. Ở cuối phần II (Naruto: Dattebayo), sau khi thực hiện các nhiệm vụ cùng bạn bè ở làng Lá, Naruto theo ngài Jiraiya đi ra ngoài Làng Lá luyện tập ở tập 220. Sang phần II (Naruto: Shippuden), câu chuyện diễn biến phức tạp hơn, bên cạnh quá trình tìm kiếm Sasuke, một tổ chức bí ẩn có tên Akatsuki bắt đầu truy đuổi Naruto để trích xuất con Cửu Vĩ Hồ Ly được phong ấn bên trong cậu.